Hiện chưa có loại thuốc diệt cỏ đặc trị nào có thể diệt được lúa cỏ mà không ảnh hưởng đến lúa trồng. Hạt lúa cỏ luôn có sẵn trong đất, khi có điều kiện là chúng nảy mầm và phát triển. Có thể áp dụng những biện pháp sau để hạn chế lúa cỏ:

- Diệt lúa cỏ trước khi xuống giống: Tạo điều kiện cho lúa cỏ mọc trước, như mùa khô thì bơm nước lên ruộng rồi rút đi đủ ẩm lúa cỏ và cỏ dại sẽ mọc, mùa nước thì bơm nước ra khỏi ruộng, để khô mặt ruộng lúa cỏ cũng sẽ mọc. Sau khi lúa cỏ mọc đều dùng thuốc cỏ triệt sinh (không chọn lọc) để diệt rồi mới tiến hành làm đất xuống giống (cần tiến hành phun thuốc trước 7- 10 ngày).

- Làm đất kỹ và san ruộng bằng phẳng: Biện pháp này nhằm vùi sâu hạt lúa cỏ vào đất, không tiếp xúc được với ánh sáng, hạt lúa cỏ sẽ không nảy mầm và giúp lúa trồng mọc đều, sinh trưởng và phát triển nhanh sẽ tạo tán che phủ làm giảm khả năng mọc và phát triển của lúa cỏ.

- Chuyển đổi phương pháp canh tác: Có thể chuyển từ phương pháp sạ sang cấy để hạn chế lúa cỏ. Trong ruộng lúa cấy nếu luôn giữ được nước sẽ không có lúa cỏ mọc, lúa cấy phát triển trước cũng hạn chế được lúa cỏ.

- Loại bỏ hết lúa cỏ trước khi chúng rụng hạt: Khi lúa cỏ trổ được ít ngày dùng liềm hớt hết những bông lúa cỏ, việc này rất dễ thực hiện bởi hầu hết lúa cỏ đều ở tầng trên, nếu làm triệt để sẽ giảm được rất nhiều lúa cỏ ở vụ sau. Nông dân những vùng bị nhiễm lúa cỏ thường áp dụng biện pháp này.

- Luân canh cây trồng: Không nên trồng vụ lúa Xuân- Hè trên những khu ruộng mà vụ Đông- Xuân để lại nhiều hạt lúa cỏ. Có thể chuyển sang trồng các loại cây màu như đậu nành, đậu xanh, mè, bắp. Sau khi được tưới nước cho cây màu thì lúa cỏ sẽ mọc rất nhiều và việc diệt lúa cỏ cho các loại cây màu thật dễ dàng bằng các loại thuốc trừ cỏ chuyên dụng cho cây hoa màu (khác Họ với cây lúa và cây lúa cỏ) (ví dụ Select- chỉ áp dụng cho các cây họ đậu, không dùng trên cây bắp). Sau một vụ màu thì quỹ hạt lúa cỏ trong đất giảm đi rất nhiều trong vụ lúa Hè- Thu.

- Dùng giống lúa thuần sạch cỏ và lúa cỏ: Không nên dùng lúa ăn để làm giống, bà con nông dân có thể tự làm giống sạch cho mình bằng cách cấy riêng lúa giống trong diện tích nhỏ hoặc khử thật kỹ một phần ruộng lúa làm giống trước khi thu hoạch.

- Sử dụng thuốc diệt cỏ: 

Nghiên cứu thuốc diệt cỏ biệt tính giữa lúa cỏ và lúa trồng cũng đang được tiến hành tại IRRI (Philippines) và WRO (Anh). Sử dụng Molinate (4,5-6,7 kg/ha) trộn vào đất trước khi gieo trồng trên lúa nước đã được báo cáo là kiểm soát hiệu quả đối với lúa cỏ trên ruộng lúa trồng (Smith, 1981).

Pretilachlor áp dụng trước mọc mầm cũng đã được báo cáo khống chế tốt lúa cỏ trên ruộng lúa sạ ướt (Ví dụ: Thuốc diệt cỏ tiền nảy mầm Sofit cũng có tác dụng hạn chế lúa cỏ. Thuốc được áp dụng lúc 1-3 ngày sau khi sạ trên lúa sạ ướt được đánh bùn thật kỹ, lượng thuốc sử dụng là 1,2 lít/ha).

Khả năng sử dụng chất giải độc để bảo vệ hạt giống lúa trồng với thuốc cỏ trước mọc mầm sử dụng để diệt lúa cỏ cũng đang được nghiên cứu tìm kiếm, trong đó Fenclorim là chất thường được ứng dụng.

Suốt một thập niên qua hoặc hơn, Butachlor và Pretilachlor đã được sử dụng tại Ấn Độ để đạt được diệt cỏ biệt tính trên lúa. Tuy nhiên, việc sử dụng liên tục hai loại thuốc diệt cỏ này đã dẫn đến sự thay đổi quần thể cỏ dại, điều này đòi hỏi phải thí nghiệm các phân tử thuốc cỏ thay thế. Phần lớn sự thay đổi trong quần thể cỏ dại là sự thế chỗ của vài loài cỏ hàng năm bằng các loài cỏ nhiều năm hoặc các loài khác nhau trong các nhóm cỏ hàng năm. Các thí dụ về sự đổi ngôi trứ danh trên lúa là sự thay thế Sphenoclea zeylanica và Cyperus difformis bởi Marsilea quadrifolia và Cyperus rotundus tương ứng. Trong một số hoàn cảnh khác các loài cỏ thuộc chi Echinochloa được báo cáo là được thay thế bằng các loài thuộc chi Panicum. Cyperus iria được thay thế bằng Cyperus difformis. Trong nhóm cỏ hai lá mầm, Ludwigia parviflora được thay thế bởi Marsilea quadrifolia. Ở một vài vùng có báo cáo chỉ ra rằng loài cỏ hòa bản Ischaemum rugosum được thay thế bằng một số loài cói lác thuộc chi Fimbristylis. Sử dụng lặp lại Pretilachlor đã gây ra sự loại bỏ rõ rệt loài cói lác Cyperus iria và sự nổi trội của loài cỏ lá rộng Caesulina axillaris.